Župa Presvetog Trojstva u Svetoj Nedelji prvi put se spominje u popisu svećenika, odnosno župnika Zagrebačke biskupije iz 1501. godine. Tada se, na dijelu katedralnog Arhiđakonata, kao prvi poznati svetonedeljski župnik navodi stanoviti Martin, odnosno „Martinus plebanus sancte Trinitatis in Nedelcz“. 

Pučka legenda o nastanku župe govori o tome da je Sava jednom poplavila cijelu dolinu podno današnje crkve, a kad se voda povukla, pod brežuljkom je nađen kip (ili slika – starinski: kipec) Prevetog Trojstva koji su mještani doživjeli kao Božji glas koji im je rekao da na tome mjestu sagrade crkvu. 

Pretpostavlja se da je župa osnovana tijekom druge polovice 15. stoljeća, najvjerojatnije odvajanjem od župa Samobor, Stupnik i Sveti Martin pod Okićem. Tada se, naime, u povijesnim ispravama po prvi puta spominje i naselje Nedelcz (odnosno današnja Sveta Nedelja). Josip Butorac ukazao je kako se u Hrvatskoj crkve i župe posvećene Presvetom Trojstvu često zovu „Nedjelja“ ili „Sveta Nedjelja“, što se i danas očituje u nazivima nekoliko naselja u Hrvatskoj. Dosljedno tome, zabilježeno postojanje naselja Nedelcz sredinom 15. stoljeća, ukazuje na vjerojatno postojanje kapele ili crkve, a moguće već i župe Presvetog Trojstva. 

U 16. stoljeću župa je obuhvaćala naselja Strmec, Orešje, Rakitje i Novaki koja su pripadala Susedgradskom vlastelinstvu, te naselja Kerestinec, Kalinovica, Mala Gorica i Dol, koja su pripadala Okićkom vlastelinstvu. Pretpostavlja se stoga da je i samo naselje Sveta Nedelja, smješteno na međi tih dviju gospoštija osnovano upravo zato da bi bilo sjedište župe (u pojedinim izvorima naselje se navodi kao Crkveno mjesto pod Okićem).

Krajem 16. stoljeća, u vrijeme ratova protiv Osmanlija, svetonedeljski kraj je više puta bio opustošen pod njihovim naletima. Tako iz zapisa o kanonskoj vizitaciji 1622. godine saznajemo da je tadašnja svetondeljska crkva stradala od Osmanlija, vjerojatno 1593. godine, ali je kasnije obnovljena. Od 16. stoljeća, sama župa bila je usko vezana za obitelj Erdödy, vlasnike Okićkog vlastelinstva sa sjedištem u Kerestincu te pokrovitelje i dobročinitelje župe. Petar III. prigradio je tako župnoj crkvi 1608. godine kapelu svetog Petra, kao obiteljski muzolej te osnovao misnu zakladu (prebendu), darovavši župi zemlju i podložnike. U kanonskim vizitacijama zabilježeni su i drugi darovi članova obitelji, a u grobnici u crkvi je 1823. godine pokopana i grofica Amalia Erdödy. Crkva se temeljito obnavlja u 18. stoljeću za vrijeme župnika Antuna Vidakovića, a današnja župna crkva Presvetog Trojstva građena je iznova od 1768. do 1786. godine u baroknom stilu na temeljima ranije gotičke crkve. Radove je poduzeo i vodio jedan od najpoznatijih svetonedeljskih župnika Mihael Šilobod (župnik od 1760. do 1787. godine). Oko crkve i na padini ispod nje, bilo je staro groblje, koje se koristilo do 1896. godine, kada je na susjednom župnom zemljištu otvoreno novo, današnje groblje. Župa je do 1. srpnja 2001. godine pripadala Okićkom dekanatu, kada postaje sjedište novoosnovanog Svetonedeljskog dekanata. Prvi dekan novoosnovanog dekanata bio je svetonedeljski župnik preč. Dragutin Bubnjar. Samo područje župe znatno je smanjeno iste godine kada 1. rujna, dismembracijom nastaju dvije nove župe – župa Uzvišenja svetog Križa u Kerestincu te župa Blaženog Alojzija Stepinca za naselja Bestovje, Novaki i Rakitje. Začetak novih župa postavio je još 1981. godine župnik Marcel Rogina, kupivši zemljište za gradnju crkve u Kerestincu.

Mihael Šilobod 

Mihael Šilobod (navodi se i kao Mihalj ili Mijo, najčešće s pridodanim bakinim prezimenom kao Šilobod-Bolšić), svećenik, znanstvenik i kulturni djelatnik.Rođen je 1. studenog 1724. godine u mjestu Podgrađe pod Okićem u župi Sveti Martin pod Okićem. Osnovno obrazovanje Šilobod je vjerojatno stekao u Samoboru, a gimnaziju je završio u Zagrebu. Filozofiju je studirao u Beču, a teologiju diplomirao u Bologni.

Po povratku sa studija, započeo je svoje svećeništvo 1747. godine, najprije kao kapelan na području Hrvatskog zagorja, a 1751. godine biva imenovan župnikom u župi Martinska Ves kraj Siska gdje je dao sagraditi i novu crkvu.

1758.godine, na kajkavskom jeziku izdaje svoje najpoznatije djelo „Arithmetika Horvatzka”. Izučavao je i analizirao tadašnju sakralnu glazbu, a posebice koralno pjevanje te je 1760. godine u Zagrebu objavio djelo „Fundamentum cantus gregoriani, seu choralis“, vrijednu teoretsku uputu za koralno pjevanje koja se upotrebljavala i 100 godina kasnije, a danas je predmet izučavanja na bogoslovnom konzervatoriju u Rimu.

1760. godine dolazi na mjesto župnika u župi Presvetog Trojstva u Svetoj Nedelji gdje službuje 26 godina. U samoj župi 1783. godine poduzeo je obnovu i dogradnju tadašnje crkve u kojoj je povisio zidove lađe i svetišta, dogradio novu sakristiju, dao oslikati glavni oltar te iskopati grobnicu (kriptu) za župnike u kojoj je i sam kasnije pokopan. Posebnu pozornost i divljenje puka privlačila je velika ura na tornju crkve (horologium) koju je kao veliki inovator Šilobod sam izradio i postavio. U susjednoj kapeli Svetog Roka dao je izgraditi zidani kor koji još i danas postoji u istom obliku. U to vrijeme izdaje i djelo „Kabala“ na latinskom jeziku.

Iako se tijekom života na svim sačuvanim dokumentima potpisivao jednostavno sa Sillobod, posebno je iskazivao zahvalnost bakinoj ženskoj liniji obiteljskog stabla – Bolšić, te je kao trajni spomen toj zahvali u djelu „Arithmetika Horvatzka“, uz svoje rodno i kršteno prezime Šilobod (Sillobod), upisao i to drugo („drugač“) prezime – Bolšić (Bolsich).Umro je 8. travnja 1787.godine u Svetoj Nedelji, gdje je i pokopan u jednoj od grobnica u samoj crkvi Presvetog Trojstva.